尖锐湿疣复发问题是在治疗中最为困扰广大患者的问题。尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒引起的皮肤良性增生性疾病，是所有性传播疾病里面最容易复发的一种，且反复发作有癌变的可能性。大量研究表明导致尖锐湿疣复发的因素较多，其复发的周期也因个体的差异而有所不同，主要因素包括下列几点：
1、尖锐湿疣损害和/或HPV未被彻底去除
尖锐湿疣损害和/或HPV未被彻底去除是造成尖锐湿疣复发的重要因素之一。有学者发现尖锐湿疣经治疗去除疣体后仍有45%的患者存在HPV潜伏感染，其中67%的患者表现复发。这表明HPV未被机体彻底清除，残留的尖锐湿疣病变或潜伏HPV感染是尖锐湿疣复发的主要原因。在尖锐湿疣治疗过程中每一种外用疗法只要仔细操作，尤其是掌握达到彻底去除HPV感染的组织范围和深度则会大大减少尖锐湿疣复发。
2、尖锐湿疣接种感染
尖锐湿疣在激光疗法和手术切除疗法等治疗的过程中可能将含有HPV的病变组织污染其他部位，如对尖锐湿疣病变周围和远端皮肤黏膜的接种而发生尖锐湿疣。
3、被HPV污染的物品
在尖锐湿疣的传播途径中已叙述其间接传染途径，这也可能成为尖锐湿疣复发因素之一。如患者用过的被HPV污染的毛巾等未加处理，再次接触后可造成尖锐湿疣复发。经观察还发现被HPV污染了的内裤也是尖锐湿疣复发的原因。
4、性伴HPV感染或尖锐湿疣存在
患者的性伴有HPV感染或尖锐湿疣未彻底治疗，患者尖锐湿疣治愈后如再次与其性接触后就可以引起尖锐湿疣复发。
5、尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染
尖锐湿疣亚临床表现与HPV潜伏感染存在是引起尖锐湿疣及其复发的最重要的因素。广泛黏膜的尖锐湿疣亚临床表现和HPV潜伏感染可能引起30%~70%尖锐湿疣病例的复发，在非皮损区HPV阳性者中有37.5%复发。
6、机体免疫系统的完整性
尖锐湿疣患者免疫系统发生变化在尖锐湿疣发生发展与消退中起着重要作用。因此，各种内外因素引起机体免疫功能下降，使机体免疫应答的调节紊乱，最终导致完整的细胞免疫系统平衡失调或缺陷是尖锐湿疣复发恶性循环中的一个很重要的因素。
7、吸烟
因为吸烟能降低机体抵抗力，所以吸烟也是尖锐湿疣的独立危险因素。研究表明，吸烟者尖锐湿疣的发病率比不吸烟者高3倍多，且发病率随烟龄和日吸烟支数的增加而增加，同时吸烟能促进尖锐湿疣复发
8、饮酒
饮酒是包括尖锐湿疣在内的多种性病发病和复发的危险因素。因为饮酒影响了机体T淋巴细胞的活性，抑制了机体的免疫力。同时酒精能抑制中枢神经系统，减轻焦虑，增强性欲，增加高危性行为，在一定程度上增加了尖锐湿疣的发生和复发
9、婚姻妊娠状况
资料显示，离婚、夫妻分居、丧偶、未婚者尖锐湿疣发病率比正常对照组高，因为这些情况下容易发生高危性行为。妊娠期妇女具有较高的尖锐湿疣发病率，且尖锐湿疣的复发率相对较高，这与妊娠期的内分泌功能变化有关
10、其他
引起尖锐湿疣复发的其他因素中有患者个人不良卫生习惯、男性包皮过长、女性各种外阴阴道感染以及其引起的分泌物增多造成局部的潮湿环境等。
